Açılması düşünülen sondaj kuyusunun nerede olacağına ilişkin kuyu yeri seçiminde aşağıdaki maddeler dikkate alınmalıdır:

• Kuyunun toplam derinliği boyunca düşeyliğinden sapmaması ve sondaj kamyonunun başarılı bir şekilde teraziye (dengeye) alınabilmesi için düşük eğimli, mümkünse düz bir zemin tercih edilmelidir.

• Böyle bir zeminin yokluğunda engebeler iş makinesi ile kazınarak düzleştirme çalışmaları yapılabilir.

• Killi toprağa sahip, yağışlı zamanlarda batak ve çamur haline gelen tarla ve lokasyonlardan zeminin üzerine tahtalardan düz bir satıh yapılabilir. Bunun haricinde çalışılacak alana beton dökülerek de yapay bir satıh hazırlanabilir.

• Sondaj kuyusu açıldıktan sonra kuyuda bulunan suyun değişmeyen seviyesinin derinliği (dinamik seviye), suyun ulaştırılacağı uzaklık ve arazinin eğimi göz önüne alınarak aynı birim içerisinde yüksek kotta kuyu açmak enerji ve maddi tasarruf açısından faydalıdır.

• Kuyunun açılacağı alanda sonradan planlanacak yerleşke, techizat, ekenek vb. olasılıklar düşünülerek kuyu yeri sonradan engel oluşturmayacak şekilde seçilmelidir.

• Gevşek zeminlerde ve aktif tektonizmaya (yeraltı hareketlerine) maruz bölgelerde kuyular ana yapıların hemen yanında açılmamalıdır.

• Kuyudan alınacak suyun kimyasal niteliği ve kalitesinin bozulmaması için çöp toplama alanlarının, hayvan damlarının ve umumi köy tuvaletlerinin aşağı kotlarında sondaj kuyusu açılmaktan kaçınılmalıdır. Bu gibi yerlerden sızan sıvılar ve zararlı maddeler kuyu içerisine girerek yeraltı suyunu kirletirler. Kirlenmiş yeraltı suyu tarımsal, içme, tedavi ve şifa amaçlı kullanımlarda insan sağlığına zararlıdır.

• Sondaj kuyusunu açmadan önce arazi üzerinde yapılmış bir jeofizik çalışması varsa, alınan olumlu sonuçlara bağlı olarak sondaj kuyusunun yeri ölçümün yapıldığı hat üzerinde belirlenmelidir.

• Sondaj kuyusunun açılacağı arazi üzerinde belirgin bir fay ya da kırık ve çatlak sisteminin izlerine rastlanmışsa kuyu bu kırık çatlak düzlemi üzerinde açılabilir.